در طرفین بدن و نزدیک به سطح پشتی یک خط طولی دیده می شود که گاهی برروی سر نیز انشعاباتی دارد. این اندام را خط جانبی یا خط حسی می گویند. از تجمع مجاری کوچکی که در هر فلس وجود دارد و از خارج نمایان است به وجود آمده است. بهم پیوستن این مجاری در زیر فلس ها لوله ای درست می شود که انشعاباتی که انشعابات دهم مغز را دریافت می کندکه جانور توسط آن ارتعاشات آب را احساس می نماید.

حال قبل از آنکه بدن ماهی را برای مطالعه دستگاه های داخلی بشکافید دستگاه تنفسی را مطالعه نمایید.

دستگاه تنفسی: برای دیدن برانشی ها باید سرپوش برانشی را برداشت که برای این کار بخش آزاد شده سرپوش را با قیچی ببرید. پس از برداشتن سرپوش برانشی ها را که قرمز تیره هستند،  می بینید. برانشی ها در هر طرف به تعداد چهار عدد دیده می شوند. هر برانشی دارای یک کمان برانشی است که در خارج آن دو ردیف زایده قرمز رنگ به نام تیغه یا رشته های برانشی که حمل تبادلات گازی بین خون و آب است دیده می شود (دو نیمه برانشی). در بخش داخلی کمان برانشی سمت دهان دندانه های لوزه مانند سفید رنگی به نام شنکش های برانشی وجود دارد. عمل این دندانه ها تصفیه آبی است که از دهان وارد می شود و مجاور آبشش ها قرار می گیرد.برانشی های یک طرف سر را خارج کرده تعداد آن ها را مشخص نموده و پس از مطالعه بخش های مختلف آن و شکل یک برانشی را رسم نمایید.

تشریح داخلی: پس از مشاهده شکل ظاهری و مطالعه دستگاه تنفسی، ماهی را به پهلو در تشتک تشریح خوابانیده سپس یک برش طولی از مخرج تا سرپوش برانشی ها در سطح شکمی ایجاد نمایید. در مرحله بعد دو شکاف عرضی یکی از ناحیه مخرج و دیگری از ناحیه زیر سر پوش برانشی تا نزدیک خط جانبی پشتی ایجاد کرده و به صورت یک مستطیل پوست و عضلات را بردارید، توجه داشته باشید که در هنگام برداشتن پوست و عضلات اندام های داخلی صدمه نبینند. حال به ترتیب دستگاه های مختلف را مطالعه نمایید:

 قلب ماهی

1-  دستگاه گردش خون (Circulatory System): قلب در سطح شکمی، در وسط برانشی ها و زیر مری در داخل پرده پریکارد قرار گرفته است. ابتدا پرده پریکارد را پاره کرده و قلب و رگهای مربوط را آزاد نمایید. قلب شامل یک بطن و یک دهلیز است، در جلوی بطن بخش سفید رنگ برجسته ای به نام پیاز آئورتی دیده می شود که در ابتدای آئورت شکمی است. در عقب دهلیز بخش تیره رنگی به نام سینوس سیاهرگی مشاهده می شود. در محل اتصال بطن به پیاز آئورتی در داخل، دریچه های سینی وجود دارند که از برگشت خون جلوگیری می کنند. خون از آئورت شکمی توسط سرخرگ های برانشی آورنده (آوران) در اطراف برانشی ها پخش شده و بعد از تبادلات گازی توسط سرخرگ های برانشی برنده (وابران) به آئورت پشتی وارد می شود. از آنجا در اندام های بدن توزیع می گردد. خون تیره بدن از طریق سیاهرگ های کاردینال به سینوس سیاهرگی می ریزد. پس از بررسی قلب و رگها در محل استقرار، آن را خارج ساخته و بخش های مختلف را ضمن مقایسه با مولاژ مربوطه مطالعه نمایید و از آن شکل بکشید.

2-   دستگاه گوارش (Digestive System): شامل دهان، حلق، مری کوتاه، معده (اغلب مری و معده چندان قابل تفکیک نمی باشند) و روده است که تا مخرج ادامه دارد. در صورتی که ماهی مورد تشریح از کپور ماهیان باشد فاقد دندان های آرواره ای است و دارای      دندانه های حلقی می باشد. یک زبان کوچک به کف دهان چسبیده و احتمالاً به حرکات تنفسی کمک می کند. در طرفین ناحیه حلق برانشی ها قرار دارند. کبد بزرگ و بنفش رنگ است و بر روی روده تکیه دارد و در موقع بازکردن روده قطعه قطعه می شود. کیسه صفراء به رنگ سبز و آبکی دیده می شود و به وسیله مجرایی به ابتدای روده متصل است. لوزالمعده معمولاً نا مشخص است طحال به صورت زبانه قرمز رنگی به روده تکیه دارد. کیسه هوا یا بادکنک شنا محتوی گاز (هوای جو) در قسمت پشت و بالای لوله گوارش قرار دارد. در جدار کیسه هوا عروق خونی فراوانی وجود دارد که در بعضی نقاط مجتمع شده و برجستگی هایی به نام غدد قرمز می سازند. این برجستگی ها خاصیت تولید و جذب گاز دارند و حیوان با انجام این عمل تعادل خود را در آب حفظ می کند. در اغلب ماهی های استخوانی کیسه هوا به وسیله مجرایی به مری متصل است.

پس از مشاهده بخش های مختلف دستگاه گوارش و غدد ضمیمه از آن ها شکل بکشید.

3-   دستگاه تولید مثل (Reproductive System): غدد جنسی نر شامل بیضه ها است ( یک جفت) که در طرفین و بالای دستگاه گوارش واقع اند و از هر کدام لوله ای به نام مجرای اسپرم بر خارج و در انتها به هم متصل شده است و به منفذ ادراری تناسلی باز می شود. بیضه ها سفید و در فصل تولید مثل بزرگتر و محتوی مایع شیری رنگی هستند. در جانور ماده تخمدان ها زوج و در طرفین لوله گوارش قرار دارند و مجاری کوچکی به نام لوله تخم بر از هر یک خارج شده وپس از اتصال به یکدیگر به منفذ ادراری تناسلی باز      می شوند. لقاح در ماهی مورد تشریح خارجی و در آب صورت می گیرد.

4-   دستگاه ادراری (Excretory System): این دستگاه شامل دو کلیه باریک و قرمز رنگ است که در دو طرف ستون مهره ها و چسبیده به آن قرار دارند. از هر کلیه لوله ای به نام میزنای خارج می شود که به مثانه کوچکی متصل شده و از آنجا توسط مجرایی به منفذ ادراری تناسلی مربوط می گردند و به خارج راه می یابند. بعد از مشاهده دستگاه ادراری تناسلی و مطالعه بخش های مختلف این دو دستگاه و همچنین ارتباط آنها با یکدیگر از آنها شکل بکشید.

5-   دستگاه عصبی (Nervous System) : برای مطالعه مغز و نمایان کردن آن ابتدا با احتیاط به وسیله ی نوک قیچی سوراخی در وسط جمجمه ماهی ایجاد کنید و سپس با لبه پنس یا قیچی بطور افقی استخوانها را بردارید و مواظب باشید که نوک قیچی صدمه ای به مغز نزند. بعداز آن مخچه را پس از نمایان شدن کامل به همراه بخشی از نخاع خارج ساخته و در شیشه ی ساعت قرار دهید واندام های سطح پشتی وشکمی آن را مطالعه نموده و یا مقایسه با مولاژ موجود در آزمایشگاه شکل بکشید. اندام هایی که از سطح پشتی دیده    می شوند، عبارتنداز: لوب های بویایی، نیمکره های مخ، لوب های بینایی، مخچه، بصل النخاع (در اینجا یک بخش میانی و دو بخش طرفی بصل النخاع نیز قابل مشاهده است) و نخاع شوکی. درسطح شکمی مغز مقاطع بینایی و هیپوفیز به خوبی مشخص است.